בליבה של חברון שוכנת מערת המכפלה אשר נקנתה עי אברהם אבינו מעפרון החתי לפני כ3700 שנה. למעשה, היתה זו האחיזה הראשונה בארץ ישראל.
על פי המדרש, ניחוח גן עדן שבקע ממערת המכפלה הביא את אברהם אבינו להחלטה שזה המקום לקבור בו את שרה אשתו. בפרקי דרבי אליעזר מתואר כיצד מרדף של אברהם אחרי שה מעדרו הביאו אל המערה, שם חזה באדם וחוה השוכבים ונר דלוק על ראשם.
במערת המכפלה קבורים ארבעה זוגות אדם וחוה (על פי המדרש), אברהם ושרה, יצחק ורבקה ויעקב ולאה. מערת המכפלה נקראת כך על שם כפילות הזוגות הקבורים בה ועל שם המבנה הכפול – מערה בתוך מערה.
כשתרו המרגלים את הארץ בא לחברון כלב בן יפונה על מנת להשתטח על קברי אבות ולהתפלל כנגד עצת המרגלים.
המבנה שמעל למערת המכפלה הוא אחד המונומנטים הנאים ביותר מתקופת בית שני שנשתמר בשלמותו ובמלוא הדרו. כיוון שהסגנון דומה לבנייניו של הורדוס, יש הסוברים שגם בנין זה נבנה על ידיו, אל יש שסוברים שבימיו של הורדוס הבניין כבר עמד על כנו ובנייתו שייכת לתקופת אחד ממלכי בית חשמונאי. המבנה הוא מעין דגם מושלם וקטן של הרב הבית. מידותיו: כ-35 מטר על 60 מטר, גובה החומה הדרומית כ20 מטר ועובי הקירות מתקרב ל3 מטר. בחומה הצפונית-מזרחית נמצאת אבן שארכה כ7.5 מטר ומשקלה 40 טון.
הבניין עומד כמעט שלם מאז בנייתו כבר 2000 שנה, ופעיל מאז ברציפות. מאז חורבן בית שני הוחלפו מחזיקיו : בתקופה הביזנטית (נוצרים), הערבית (מוסלמים), הצלבנית (נוצרים) והממלוכית (מוסלמים). במאה ה-7 (בשנת 638ץ תקופת הביזנטים) אירעה רעידת אדמה שהחריבה ערים שלמות בארץ ישראל ואז הזיזה מספר אבנים ממקומם בצידו הדרומי של מבנה מערת המכפלה.
בכל הדורות עלו יהודים וביניהם גדולי הדורות מכל קצוות תבל, לפעמים תחת איסורים וקשיים, על מנת להשתטח על קברי אבות.
הממלוכים אסרו על יהודים להתפלל במערה והגבילו את כניסתם למדרגה השביעית שבפתח המערה החל משנת 1267. בכל אותה תקופה, עד שחרור חברון במלחמת ששת הימים, לא הורשו יהודים להקים בית כנסת במקום. ב1967 שוחררה חברון בידי צהל, תושבעי העיר נכנעו ללא קרב, יתכן בשל החשש מנקמת היהודים על פרעות העבר.
למרות פארו של המבנה, ערכה של המערה עולה לאין ערוף על ארכו ההיסטורי-ארכיאולוגי של הבניין. יעידו על כך שנים ארוכות של תפילת יהודים בקברי אבות וקצרה היריעה מלתאר את מעלת המקום.
הידיעות הממשיות על המערה עצמה הן מועטות ביותר. ידוע ששני אפריונים העשויים שיש מוצבים במקביל הזה לזה באולם יצחק ושניהם מתחברים למסדרון תת קרקעי אחד, תחתיו מצויה מערה נוספת.
בדור האחרון הועלה מעט מסך המסתורין ונתגלו מספר עובדות על המכלול התת קרקעי. לאחר מלחמת ששת הימים שולשלה מיכל ארבל, ילדה בת 12 דקת גו, דרך פתח הנרות בקצהו של אולם יצחק, פתח שקוטרו 26 סמ. הילדה גילתה חדר תת קרקעי ובו שלוש מצבות. מן החדר יצא מסדרון צר שאורכו כ-16 מטר, המסדרון הוביל ליציאה אחרת שנחסמה.
לפני למעלה משלושים שנה, בחודש אלול תשמא, תוך כדי אמירת סליחות במערה, הצליחו מדריכי מדרשת חברון להערים על אנשי הוואקף המוסלמי ששמרו על המקום. הרעש שעוררו המתפללים היהודים עם השופרות (ועלים נוספים שנוספו לתפילה לרגל המאורע…) איפשר לקבוצת המדריכים לפתוח את הפתח החסום שבקצה המסדרון התת קרקעי. כשנכנסו הם חשפו מערה כפולה אשר נושבת ממנה רוח פרצים. המערה נמצאה מתחת לציון אברהם אבינו אשר במערה. המערות מלאות כיום בעפר כמעט עד מלוא גובהן, השרידים מתקופת האבות טמונים עמוק, אך על גבי מילוי העפר נתגלו שברי עצמות וחלקי חרס שונים מתקופת מלכי יהודה (לפני כ-2900 שנה). לחלק מהדעות, הכניסה למבנה המערה אבורה לכהנים שכן במשך השנים נקברו בה עשרות יהודים.
ניתן לסכם ולומר שכלל שרחב היקף הידיעות שבידינו על מערת המכפלת, כך נעלמת היא ועוטה סוד. לפנים המערה בה נחים האבות והאמהות , כנראה שלא נכנס אדם מעולם ולפיכך עדיין רב בה המכוסה והעלום על הגלוי והידוע.